Historiador, industrial, hacendado, anticuario y numismático, don Juan Bautista Gill Aguínaga, de ilustre cuna, nació en Asunción, el 10 de junio de 1910. Egresado de la Escuela Militar, en la Guerra del Chaco fue comandante del Regimiento Corrales y del batallón de Depósito de Marineros.
Por su actuación en el conflicto chaqueño fue condecorado con la Cruz del Chaco y la Cruz del Defensor. Se retiró del Ejército con el grado de teniente de navío en 1936. Estudioso de la historia paraguaya y regional, también se dedicó a la numismática y actividades afines, formando una valiosa colección de monedas, medallas, mapas, documentos, periódicos, fotografías y piezas musearias.
Fue miembro de número del Instituto Paraguayo de Investigaciones Históricas y de la Academia Paraguaya de la Historia, entidad que presidió entre 1974 y 1976, así como del Instituto de Numismática y Antigüedades del Paraguay. Fue miembro correspondiente del Instituto Bonaerense de Numismática y Antigüedades, y de la comisión directiva del Touring y Automóvil Club Paraguayo. Apasionado bibliófilo, su biblioteca fue una de las más importantes del país, así como sus colecciones de documentos históricos, monedas y antigüedades. Además de artículos en periódicos, publicó algunos libros, en 1959 editó su libro LA ASOCIACIÓN PARAGUAYA EN LA GUERRA DE LA TRIPLE ALIANZA, que es considerado su obra cumbre, debido a su gran contenido documental, en 1971 publicó su obra LA PRIMERA FALSIFICACIÓN DE BILLETES PARAGUAYOS.
Fue el principal gestor de la recuperación de la Casa de la Independencia, de la formación del museo de dicha casa e integró la Comisión Nacional de esa institución. Falleció en Asunción, el 21 de noviembre de 1982.
Tras la muerte de Gill Aguinaga y por mandato testamentario, todo su acervo fue donado al Estado paraguayo.
Por el decreto 37142 del 28 de diciembre de 1982, el Gobierno aceptó la donación de la señora Alice Ayala de Gill Aguinaga, procedente del museo Juan Bautista Gill Aguinaga.
El patrimonio comprendía colecciones de monedas, documentos antiguos y libros. Esta donación se formalizó por escritura pública el 10 de noviembre de 1982.
Actualmente, parte del acervo está en el archivo del Ministerio de Defensa Nacional y en el Banco Central del Paraguay.